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中國人自己的單細胞測序儀來了!

發布時間:2018-11-08 17:32   瀏覽:
過去兩年有一項大熱的技術,大量研究人員通過這項技術解決重要科學問題,發表了大量學術文章,這項技術便是單細胞測序技術。

Drop-seq單細胞測序儀 
 
單細胞測序技術,在這兩年得到了蓬勃發展。一些高通量的單細胞測序平臺開始為大家所熟知。有10×genomics單細胞測序平臺、以及Fluidigm、WaferGen、Illumina/Bio-Rad等。
這些平臺減少了單細胞測序的成本,使得單個細胞的測序成本變得低。雖然單個細胞的成本減少了,但一個樣本需要產生大量細胞的數據,所以單個樣本的成本并沒有很低。大多數的研究者會因這幾十萬或上百萬的測序成本而對單細胞測序研究望而卻步。有些希望從事單細胞研究或者希望提供單細胞測序服務的單位,也會因為測序平臺高昂的價格而猶豫不決。
在這種形式下,上海凈信潛心研發兩年多,推出了單細胞測序平臺。該平臺基于Drop-seq的技術原理,能夠完成數千或上萬細胞的單細胞測序。
大家所熟知的10×genomics單細胞胞測序平臺依托的技術手段稱之為inDrop-seq,論文在2015年發表與Cell雜志。該方法利用微液滴技術將帶有條形碼、索引分子、引物及其他的凝膠珠與單細胞混合。每個液滴內開展逆轉錄反應,以產生測序所用的帶有條形碼的cDNA。

Drop-seq單細胞測序儀 
10×genomics單細胞測序平臺原理圖
有意思的是,凈信使用的Drop-seq技術與inDrop-seq技術發表與同一期的Cell雜志上。Drop-seq也是利用微流控技術將細胞分開,并與帶有特定條形碼的磁珠混合。磁珠上的Poly(dT)將細胞內的信使RNA捕獲。收集磁珠凈信逆轉錄和擴增,得到測序所用的帶有條形碼的cDNA。與inDrop-seq不同的是,Drop-seq的逆轉錄的過程是在液滴外進行的,這樣逆轉錄的效率會高。
Drop-seq單細胞測序儀 
凈信單細胞測序儀原理圖
凈信的單細胞測序儀不管是從原理還是從測試結果看,它每個樣本能夠產生5000~10000個細胞,對上機樣本沒那么多的要求。為減少實驗失敗造成的損失,機器還添加了能夠監控實驗過程的系統,一旦出現管道堵塞等情況,便可以及時止損。而關鍵的還是:該平臺不論是從機器的購買成本,還是試劑耗材的成本都較低。該平臺的問世,再次將單細胞測序的價格拉低了一個臺階,使得研究人員能夠去利用這一技術手段進行研究工作。
Drop-seq單細胞測序儀 
 
凈信單細胞測序儀 樣機圖
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